Tras la conquista cristiana de Córdoba por Fernando III el Santo, en 1236, la comunidad judía de la ciudad mantuvo parte de su influencia anterior. Este rey promulgó un fuero donde daba el mismo trato a cristianos, musulmanes y judíos. La convivencia entre judíos y cristianos fue pacífica hasta finales del siglo XIII, cuando comenzó a deteriorarse por la difusión de propaganda antijudía y la radicalización de los eclesiásticos cristianos. Como consecuencia de las predicaciones del arcediano de Sevilla, Ferrán Martínez, la Judería de Córdoba sufrió un grave asalto en 1391, lo que forzó a muchos a convertirse al cristianismo. La Inquisición, que se instauró bajo el reinado de los Reyes Católicos a finales del siglo XV, persiguió sin descanso a los judíos conversos sospechosos de practicar sus ritos en privado, con el objetivo de asentar las bases de un estado fuerte y centralizado, sin minorías ni disidencias. En 1473, la ciudad de Córdoba fue testigo de la persecución de judíos conversos sospechosos de practicar el judaísmo en su vida privada.
Tal como había sucedido con anterioridad en otros reinos europeos como Inglaterra, los Reyes Católicos decretaron en 1492 la expulsión de los judíos, que tuvieron un plazo de cuatro meses para salir del país, si se negaban a convertirse al cristianismo. Cuando, tras el decreto de expulsión, los sefarditas abandonaron la península, sus casas y sus edificios públicos, sus lápidas sepulcrales y sus objetos de culto fueron destruidos o utilizados para fines muy distintos, lo que hace muy difícil localizar y reconocer los restos de la cultura judía en suelo español. Debido a que los judíos no tuvieron un estilo arquitectónico propio, en muchas ocasiones el rastro musulmán se suele confundir e incluso identificar con la huella de los judíos en al-Andalus.
