En juin 1236, les troupes de Fernando III le Saint arrivèrent aux portes de la ville. La prise de la ville ne dura pas longtemps, l´entrée de l´armée chrétienne le 26 juin 1236. Commence alors le repeuplement chrétien de Cordoue, se centrant surtout dans les faubourgs musulmans, surtout dans la zone de la Ajerquía. Sous Fernando III on construisit 14 églises, sept dans la medina, maintenant Ville, et sept dans la Ajerquía, appelées Églises Fernandines en honneur au roi.
Avec le 14e siècle vinrent de dures années pour la population cordouane. Entre 1366 et 1369 eut lieu la guerre civile entre les partisans de Pedro I Le Cruel et ceux de son frère batard Enrique de Trastamare. En 1349 Cordoue succombe à la Peste Noire, fait qui se reproduisit quinze ans plus tard. Les énormes indices de mortalité, le manque d´aliments et d´argent plongent la ville dans une grande crise aussi bien économique que sociale.
Un siècle plus tard, la concentration des troupes des Rois Catholiques à Cordoue pour donner le coup définitif au règne de Grenade, fut comme un rayon d´espoir pour la récupération de la ville. Christophe Colomb y fut reçu pour exposer son projet de voyages aux Indes. Après la prise du dernier réduit musulman, Isabel et Fernando dictèrent l´expulsion des habitants juifs de tout le territoire chrétien, ce qui supposa le coup grâce à la pauvre économie cordouane.
