En junio de 1236, las tropas de Fernando III el Santo llegan a las puertas de la ciudad. La toma no lleva mucho tiempo, produciéndose la entrada del ejército cristiano el día 26 del mismo mes. Se inicia entonces la repoblación cristiana de Córdoba, centrándose ésta en los arrabales musulmanes, sobre todo en la zona de la Ajerquía. Con Fernando III se proyectan 14 iglesias, siete en la medina, ahora Villa, y siete en la Ajerquía, llamándose Iglesias Fernandinas en honor al rey.
El siglo xiv traerá consigo años duros para la población cordobesa. Entre 1366 y 1369 tiene lugar la guerra civil que enfrenta a los partidarios de Pedro I el Cruel y a los de su hermano bastardo Enrique de Trastámara. En 1349 Córdoba sucumbe ante la Peste Negra, hecho que se repetirá quince años después. Los inmensos índices de mortandad, la falta de alimentos y dinero someten a la ciudad en una gran crisis tanto económica como social.
Un siglo más tarde, con la concentración de tropas de los Reyes Católicos en Córdoba para dar el golpe definitivo al reino de Granada, se verá un rayo de esperanza en la recuperación de la localidad. Aquí es recibido Cristóbal Colón para exponer su proyecto de viaje a las Indias. Una vez tomado el último reducto musulmán, Isabel y Fernando dictan la expulsión de los habitantes judíos de todo el territorio cristiano, lo que supondrá el golpe definitivo para la mermada economía cordobesa.
