Cependant, au 8e siècle, un fait changera l?Histoire de tout le monde occidental et aura comme scène notre ville. Un contingent de troupes arabes débarque sur les côtes méditerranéennes. Le règne wisigoth affaibli est facilement conquis. Cordoue est prise par Mugit, lieutenant de Tariq, et à partir de ce moment elle devient témoin de l?excellente cohabitation des peuples chrétiens et musulmans. Fait que démontre le transfert de la primitive musalla (plateforme pour la prière en dehors de la ville) dans la basilique de San Vicente, actuelle Mosquée Aljama, après l’achat d’une partie de la dite basilique.
Les premiers gouverneurs de la Qurtuba islamique en firent un centre administratif des terres conquises. Cependant, le caractère tribal des peuples arabes et berbères ne tarda pas à engendrer des disputes entre les différentes factions qui aspiraient au pouvoir.
L’arrivée de l’omeyyade Abd al Rahman I, le Fuyard, le Déshérité, unit les partis mécontents de la politique régnante et les partisans du futur émir. En 756, la ville de Cordoue est conquise et proclamée capitale de lémirat indépendant de Al-Andalus. Abd al Rahman I réalisa le premier agrandissement de la Mosquée Aljama de Cordoue et reconstruisit les murailles et l?Alcazar. Ce fut Hisham I, fils du premier émir, qui termina les travaux que son père avait commencé dans la grande mosquée et fit construire le premier minaret, aujourd?hui disparu. À l?arrivée d’Abd al Abd al Rahman II au pouvoir, on réalisa le deuxième agrandissement du temple et la ville connut un grand moment d?expansion de la construction.
Mais ce fut sous Abd al Rahman III que Cordoue acquit un véritable protagonisme. En 929 elle fut proclamée capitale du califat indépendant de Damas, devenant siège religieux, politique et administratif de tout le règne islamique occidental. Sous le mandat du premier calife on construisit Medina Azahara, ville éphémère hors des murs de la medina, source d?inépuisables légendes dues en partie au riches matériaux employés pour sa construction.
Alhakam II, fils de Abd al Rahman III ouvrit la voie à une époque de grande splendeur culturelle et édilitaire pour la ville de Cordoue. Il réalisa le troisième agrandissement de la mosquée aljama, transportant toute la richesse de Medina Azahara à la mosquée. Son successeur, Hixam II, régna mais ne su tps gouverner, et laissa le pouvoir au vizir Almanzor, responsable du troisième agrandissement de la mosquée.
Après la faible administration de Almanzor et Hixam, l?union du règne ne dura pas longtemps. En 1013, le califat tomba, et se déclara taifa jusqu?à sa chute définitive.
