Sin embargo, en el siglo VIII, tuvo lugar un hecho que cambiará la Historia de todo el mundo occidental y que tiene como escenario nuestra ciudad. Un contingente de tropas árabes desembarca en las costas mediterráneas. Fácilmente se hacen con el poder del debilitado reino visigodo. Córdoba es tomada por Mugit, lugarteniente de Tariq, dándose desde este momento la convivencia de los pueblos cristianos y musulmanes. Muestra de ello es el traslado de la primitiva musalla(plataforma para la oración extramuros de la ciudad) hasta la basílica de San Vicente, lo que constituyó el germen de la actual Mezquita aljama, previo pago por la compra de parte de la basílica.
Los primeros gobernadores de la Qurtuba islámica ya la constituyeron como centro administrativo de las tierras conquistadas. Sin embargo, el carácter tribal de los pueblos árabes y beréberes no tardó en acarrear disputas entre las distintas facciones que aspiraban al poder.
La llegada del omeya Abd al-Rahman I, el Huido, el Desheredado, unió a los bandos descontentos con la política imperante y a los seguidores del futuro emir. En el año 756 se produce la toma de Córdoba y la proclamación de la misma como capital del emirato independiente de Al-Andalus. Abd al-Rahman I realizó la primera gran ampliación de la Mezquita Aljama de Córdoba y reconstruyó las murallas y el Alcázar. Fue Hisham I, hijo del primer emir, quien terminó las obras que comenzara su padre en la gran mezquita y levantó el primitivo alminar, hoy en día desaparecido. Con la llegada al poder de Abd al-Rahman II se produce la segunda gran ampliación del templo y la ciudad vive unos momentos de gran auge constructivo.
Pero será con Abd al-Rahman III cuando Córdoba cobre un total protagonismo. En el año 929 es proclamada capital del califato independiente de Damasco, siendo sede religiosa, política y administrativa de todo el reino islámico occidental. Bajo el mandato del primer califa se levanta Medina Azahara, efímera ciudad extramuros de la medina, fuente de inagotables leyendas debido, en parte, a los ricos materiales empleados en su construcción.
Alhakam II, hijo de Abd al-Rahman III dará paso a la época de mayor esplendor cultural y edilicio de la localidad cordobesa. Realiza la tercera gran ampliación de la Aljama, transportando toda la riqueza de Medina Azahara hasta la mezquita. Su sucesor, HixamII, dedicado a reinar pero no a gobernar, dejó el poder a cargo del visir Almanzor, responsable de la tercera y última ampliación de la mezquita.
Tras la débil administración de Almanzor e Hixam, la unificación del reino no duró mucho. En el año 1013 se derrumba el califato, declarándose taifa hasta su definitiva caída.
